Я думаю, что врачам виднее, что делать с ребенком. Дети-трансгендеры - дело редкое, но существующее. В Вики аж две статьи есть:
http://en.wikipedia.org/wiki/Gender_identity_disorder_in_children
http://en.wikipedia.org/wiki/Transgender_youth

То есть, он не первый и не последний такой ребенок. Процедуру задержки полового развития врачи не специально для него придумали, она уже существует.

А то, что такой ребенок появился в однополой семье - это дело вероятности. Пересеклись две выборки, рано или поздно такое должно было произойти.